Il Dottorato in Storia è strutturato come dottorato innovativo di tipo internazionale. 

Si caratterizza per un’impostazione squisitamente interdisciplinare, componendo i contributi di una serie di aree disciplinari differenti; per una percentuale del 25% del collegio docente costituita da strutturati in università straniere; per il 20% delle borse di dottorato riservate a studenti che abbiano acquisito all’estero il titolo di studio rilevante per l’ammissione; per l’obbligo per tutti i dottorandi di condurre almeno 12 mesi di ricerca e/o attività curricolari formative all’estero; per la valorizzazione della cotutela (possibilmente la maggioranza dei casi) e del Titolo Congiunto (ovunque possibile); per l’articolazione di attività di ricerca e formazione sulla base di un quadro di intesa e cooperazione con i docenti e atenei stranieri che partecipano alla rete di rapporti scientifici e accademici che ha perno nel dottorato.

Il Dottorato in Storia consente di sviluppare e affinare a livello di ricerca le competenze acquisite nell’ambito di lauree magistrali che abbiano riservato spazi adeguati alla formazione storica. Esso permette di maturare l'apprendimento e di svolgere analisi sui processi storici in una dimensione plurisecolare, dall'età preclassica all'età contemporanea, negli spazi europei e extraeuropei. Gli approcci di ricerca rimandano in modo particolare al metodo storico comparativo e si caratterizzano per una spiccata interdisciplinarietà, provvedendo a fornire gli elementi di formazione specifici e peculiari ai seguenti ambiti di ricerca:

Vicino Oriente antico preclassico

Storia e storiografia antica in età classica

Archeologia, topografia e storia dell'arte greca, etrusco-italica, romana

Storia e civiltà del medioevo greco-latino

Storia moderna e contemporanea

Storia costituzionale e amministrativa

Storia e politica dell'integrazione europea

Storia dell’Africa e dell’Asia