Il Corso di laurea in 'Storia globale delle civiltà e dei territori' collabora, sin dalla sua istituzione, con il Centro Studi Interreligiosi, fondato presso l'Almo Collegio Borromeo.
Il Centro organizza cicli di conferenze di carattere scientifico o divulgativo, convegni, nonché una summer school annuale di alta formazione, dedicata a figure, temi e problemi comuni alla storia delle tre religioni abramitiche, cui partecipano, in qualità di relatori o docenti, ebraisti, cristianisti, arabisti e islamologi, teologi e storici della cultura e dell’arte afferenti tanto al CSI quanto a università e centri di ricerca internazionali.
Presso il Centro si svolgono anche alcuni insegnamenti inseriti nel piano di studi del corso di laurea magistrale: essi prevedono approfondimenti storici, filologici ed esegetici sulla storia delle religioni abramitiche, le conversioni religiose nel Mediterraneo, la storia dei concili e della santità nel medioevo, la storia delle chiese e delle teologie nell'Europa moderna e contemporanea.